D.Gray-Man nous plonge dans un monde sombre et sinistre du 19ème siècle. Des démons dissimulés sous forme humaine se cachent parmis les humains et ca dans le monde entier, on les appellent "les Akumas". Ce sont les âmes rappelées d'entre les morts par les gens qui les chérissent et qui sont desespérés, elles sont contrôlées par le Compte Millénaire, personnage qui aspire à la destruction du monde. Une organisation secrète est alors créer pour défendre le monde de ces abominable créatures et mettre un therme aux projets maléfiques du Compte Millénaire: "La Congrégation de l'ombre". Cette organisation est composée d'une centaine de membres dont "les Exorcistes" qui sont en fait des chasseurs d'Akumas, ils possèdent tous un pouvoir permettant l'exterminations de ces créatures et c'est la qu'entre en jeu notre héros Allen Walker.